El proceso FACS comienza marcando las células con anticuerpos o tintes fluorescentes que se unen a proteínas o ácidos nucleicos específicos de las células. Estos marcadores fluorescentes permiten que el citómetro de flujo detecte y distinga entre diferentes tipos de células en función de la expresión de sus moléculas diana. También se pueden utilizar proteínas fluorescentes y colorantes intercalantes para marcar células, según los requisitos experimentales. Este etiquetado garantiza que el instrumento pueda medir con precisión la intensidad de la fluorescencia a medida que las células pasan a través del citómetro de flujo.

Una vez etiquetada, la mezcla de células fluye a través de la celda de flujo del instrumento en una sola fila. A medida que cada célula individual pasa a través de un rayo láser, el detector captura tres parámetros clave: fluorescencia, luz dispersada hacia adelante (FSC) y luz dispersada lateralmente (SSC). FSC proporciona información sobre el tamaño de la célula, mientras que SSC proporciona información sobre la complejidad o granularidad interna de la célula. Las señales fluorescentes proporcionan datos específicos sobre las proteínas o marcadores presentes en la superficie celular, lo que permite una mayor diferenciación entre las poblaciones celulares.

Los instrumentos FACS están equipados con múltiples láseres, filtros y detectores para medir la fluorescencia en diferentes longitudes de onda, lo que permite la detección simultánea de múltiples marcadores fluorescentes. Esta detección multiparamétrica es clave para experimentos que requieren la identificación y clasificación de mezclas celulares complejas. La versatilidad de FACS permite a los usuarios personalizar sus experimentos en función de marcadores fluorescentes específicos y las características de las células que se analizan.

Una vez analizadas las propiedades de la celda, el instrumento utiliza deflexión electrostática para clasificar físicamente las celdas en diferentes contenedores. Las celdas que cumplen con criterios específicos definidos por el usuario se cargan y desvían a contenedores designados. Este proceso de clasificación preciso permite a los investigadores aislar subpoblaciones de células para análisis posteriores o manipulación experimental, lo que convierte a FACS en una herramienta esencial para experimentos que requieren poblaciones de células altamente específicas.