Der FACS-Prozess beginnt mit der Markierung von Zellen mit fluoreszierenden Antikörpern oder Farbstoffen, die an bestimmte Proteine ​​oder Nukleinsäuren in den Zellen binden. Mithilfe dieser Fluoreszenzmarker kann das Durchflusszytometer verschiedene Zelltypen anhand ihrer Expression von Zielmolekülen erkennen und unterscheiden. Abhängig von den experimentellen Anforderungen können auch fluoreszierende Proteine ​​und interkalierende Farbstoffe zur Markierung von Zellen verwendet werden. Diese Markierung stellt sicher, dass das Instrument die Fluoreszenzintensität präzise messen kann, während die Zellen das Durchflusszytometer passieren.

Nach der Etikettierung fließt die Zellmischung in einer einzigen Datei durch die Durchflusszelle des Instruments. Während jede einzelne Zelle einen Laserstrahl passiert, erfasst der Detektor drei Schlüsselparameter: Fluoreszenz, Vorwärts-/Streulicht (FSC) und Seitwärts-/Streulicht (SSC). FSC liefert Informationen über die Größe der Zelle, während SSC Einblicke in die interne Komplexität oder Granularität der Zelle gibt. Die Fluoreszenzsignale liefern spezifische Daten zu den auf der Zelloberfläche vorhandenen Proteinen oder Markern und ermöglichen so eine weitere Differenzierung zwischen Zellpopulationen.

FACS-Instrumente sind mit mehreren Lasern, Filtern und Detektoren ausgestattet, um Fluoreszenz über verschiedene Wellenlängen hinweg zu messen und so die gleichzeitige Erkennung mehrerer Fluoreszenzmarker zu ermöglichen. Diese Multiparameter-Erkennung ist von entscheidender Bedeutung für Experimente, die die Identifizierung und Sortierung komplexer Zellmischungen erfordern. Die Vielseitigkeit von FACS ermöglicht es Benutzern, ihre Experimente auf der Grundlage spezifischer Fluoreszenzmarker und der Eigenschaften der zu analysierenden Zellen anzupassen.

Sobald die Eigenschaften der Zelle analysiert wurden, nutzt das Instrument die elektrostatische Ablenkung, um die Zellen physisch in verschiedene Behälter zu sortieren. Zellen, die bestimmte benutzerdefinierte Kriterien erfüllen, werden geladen und in dafür vorgesehene Behälter umgeleitet. Dieser präzise Sortierprozess ermöglicht es Forschern, Subpopulationen von Zellen für die weitere Analyse oder experimentelle Manipulation zu isolieren, was FACS zu einem unverzichtbaren Werkzeug für Experimente macht, die hochspezifische Zellpopulationen erfordern.