Proces FACS rozpoczyna się od znakowania komórek przeciwciałami fluorescencyjnymi lub barwnikami, które wiążą się z określonymi białkami lub kwasami nukleinowymi w komórkach. Te markery fluorescencyjne umożliwiają cytometrowi przepływowemu wykrywanie i rozróżnianie różnych typów komórek na podstawie ich ekspresji cząsteczek docelowych. Do znakowania komórek można również stosować białka fluorescencyjne i barwniki interkalujące, w zależności od wymagań eksperymentalnych. To oznakowanie gwarantuje, że przyrząd może precyzyjnie zmierzyć intensywność fluorescencji podczas przechodzenia komórek przez cytometr przepływowy.

Po oznaczeniu mieszanina komórek przepływa przez komorę przepływową urządzenia w jednym pliku. Gdy każda pojedyncza komórka przechodzi przez wiązkę lasera, detektor rejestruje trzy kluczowe parametry: fluorescencję, światło rozproszone do przodu (FSC) i światło rozproszone bocznie (SSC). FSC dostarcza informacji o rozmiarze komórki, podczas gdy SSC daje wgląd w wewnętrzną złożoność lub szczegółowość komórki. Sygnały fluorescencyjne dostarczają konkretnych danych na temat białek lub markerów obecnych na powierzchni komórki, umożliwiając dalsze różnicowanie populacji komórek.

Przyrządy FACS są wyposażone w wiele laserów, filtrów i detektorów do pomiaru fluorescencji na różnych długościach fal, umożliwiając jednoczesne wykrywanie wielu markerów fluorescencyjnych. To wieloparametrowe wykrywanie jest kluczowe w eksperymentach wymagających identyfikacji i sortowania złożonych mieszanin komórkowych. Wszechstronność FACS pozwala użytkownikom dostosować swoje eksperymenty w oparciu o określone markery fluorescencyjne i charakterystykę analizowanych komórek.

Po przeanalizowaniu właściwości ogniwa przyrząd wykorzystuje odchylenie elektrostatyczne do fizycznego sortowania ogniw do różnych pojemników. Ogniwa spełniające określone kryteria zdefiniowane przez użytkownika są ładowane i kierowane do wyznaczonych pojemników. Ten precyzyjny proces sortowania umożliwia naukowcom izolowanie subpopulacji komórek do dalszej analizy lub manipulacji eksperymentalnych, co czyni FACS niezbędnym narzędziem do eksperymentów wymagających wysoce specyficznych populacji komórek.