Il processo FACS inizia etichettando le cellule con anticorpi fluorescenti o coloranti che si legano a proteine ​​specifiche o acidi nucleici nelle cellule. Questi marcatori fluorescenti consentono al citometro a flusso di rilevare e distinguere tra diversi tipi di cellule in base alla loro espressione di molecole target. Le proteine ​​fluorescenti e i coloranti intercalanti possono anche essere usati per etichettare le cellule, a seconda dei requisiti sperimentali. Questa etichettatura garantisce che lo strumento possa misurare con precisione l'intensità della fluorescenza mentre le cellule passano attraverso il citometro a flusso.

Una volta etichettata, la miscela di cella scorre attraverso la cella di flusso dello strumento in un singolo file. Mentre ogni singola cella passa attraverso un raggio laser, il rivelatore cattura tre parametri chiave: fluorescenza, luce in avanti - Luce sparsa (FSC) e Luce sparsa laterale (SSC). L'FSC fornisce informazioni sulle dimensioni della cella, mentre SSC fornisce approfondimenti sulla complessità interna o granularità della cellula. I segnali fluorescenti forniscono dati specifici sulle proteine ​​o marcatori presenti sulla superficie cellulare, consentendo un'ulteriore differenziazione tra le popolazioni cellulari.

Gli strumenti FACS sono dotati di più laser, filtri e rivelatori per misurare la fluorescenza attraverso diverse lunghezze d'onda, consentendo il rilevamento simultaneo di marcatori fluorescenti multipli. Questo rilevamento di parametri multi - è la chiave per gli esperimenti che richiedono l'identificazione e l'ordinamento di miscele di cellule complesse. La versatilità di FACS consente agli utenti di personalizzare i propri esperimenti in base a marcatori fluorescenti specifici e alle caratteristiche delle cellule analizzate.

Una volta analizzate le proprietà della cella, lo strumento utilizza la deflessione elettrostatica per ordinare fisicamente le celle in diversi contenitori. Le celle che soddisfano gli utenti specifici - criteri definiti vengono caricate e deviate in contenitori designati. Questo preciso processo di smistamento consente ai ricercatori di isolare le sottopopolazioni di cellule per ulteriori analisi o manipolazioni sperimentali, rendendo FACS uno strumento essenziale per esperimenti che richiedono popolazioni cellulari altamente specifiche.