FACS -processen begynder med mærkning af celler med fluorescerende antistoffer eller farvestoffer, der binder til specifikke proteiner eller nukleinsyrer i cellerne. Disse fluorescerende markører tillader flowcytometer at detektere og skelne mellem forskellige celletyper baseret på deres ekspression af målmolekyler. Fluorescerende proteiner og intercaliserende farvestoffer kan også bruges til at mærke celler, afhængigt af de eksperimentelle krav. Denne mærkning sikrer, at instrumentet nøjagtigt kan måle fluorescensintensitet, når cellerne passerer gennem flowcytometeret.

Når den er mærket, strømmer celleblandingen gennem instrumentets flowcelle i en enkelt fil. Når hver enkelt celle passerer gennem en laserstråle, fanger detektoren tre nøgleparametre: fluorescens, fremad - spredt lys (FSC) og side - spredt lys (SSC). FSC giver information om cellens størrelse, mens SSC giver indsigt i cellens interne kompleksitet eller granularitet. De fluorescerende signaler tilvejebringer specifikke data om proteiner eller markører, der er til stede på celleoverfladen, hvilket tillader yderligere differentiering mellem cellepopulationer.

FACS -instrumenter er udstyret med flere lasere, filtre og detektorer til at måle fluorescens på tværs af forskellige bølgelængder, hvilket muliggør samtidig detektion af flere fluorescerende markører. Denne multi - parameterdetektion er nøglen til eksperimenter, der kræver identifikation og sortering af komplekse celleblandinger. Alsidigheden af ​​FACS giver brugerne mulighed for at skræddersy deres eksperimenter baseret på specifikke fluorescerende markører og egenskaberne ved, at cellerne analyseres.

Når cellens egenskaber er blevet analyseret, bruger instrumentet elektrostatisk afbøjning til fysisk at sortere cellerne i forskellige containere. Celler, der opfylder specifikke bruger - definerede kriterier, oplades og omdirigeres til udpegede containere. Denne nøjagtige sorteringsproces giver forskere mulighed for at isolere underpopulationer af celler til yderligere analyse eller eksperimentel manipulation, hvilket gør FACS til et vigtigt værktøj til eksperimenter, der kræver meget specifikke cellepopulationer.